Cada centro de la Red CIFAL opera en al menos dos temas centrales, dependiendo de las necesidades y prioridades de los actores locales. Los centros CIFAL abordan cinco áreas temáticas:
- Gobernabilidad y Planeamiento Urbano
- Desarrollo Económico
- Inclusión Social
- Sustentabilidad ambiental
- Agenda 2030 para el Desarrollo Sostenible